La variante Omicron sera-t-elle plus contagieuse que Delta ? | comment les choses fonctionnent

micron

La variante omicron a 50 mutations qui permettent au virus d’envahir d’autres cellules, ce qui peut signifier qu’il pourrait être plus transmissible et/ou mieux à échapper à la protection immunitaire. A titre de comparaison, la variante delta n’a que neuf mutations. Jakub Porzycki/NurPhoto/Getty Images

Des chercheurs en Afrique du Sud ont signalé une nouvelle variante appelée omicron (B.1.1.529) le 24 novembre 2021, et l’Organisation mondiale de la santé l’a désignée comme “variante préoccupante” deux jours plus tard. Omicron est très inhabituel en ce sens qu’il s’agit de loin de la variante la plus mutée à ce jour du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19.

La variante omicron a 50 mutations au total, avec 32 mutations dans la seule protéine de pointe. La protéine de pointe, qui forme des bosses à l’extérieur du virus SARS-CoV-2, aide le virus à adhérer aux cellules afin qu’il puisse entrer. C’est également la protéine utilisée par les trois vaccins actuellement disponibles aux États-Unis pour induire des anticorps protecteurs. A titre de comparaison, la variante delta a neuf mutations. Le nombre plus élevé de mutations dans la variante omicron peut signifier qu’elle pourrait être plus transmissible et/ou plus efficace pour échapper à la protection immunitaire, une perspective très inquiétante.

Je suis un virologue qui étudie les virus émergents et zoonotiques pour mieux comprendre comment apparaissent de nouveaux virus épidémiques ou pandémiques. Mon groupe de recherche a étudié divers aspects du virus COVID-19, y compris sa propagation aux animaux.

Pourquoi de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 continuent-elles d’apparaître ?

Alors que le nombre inhabituellement élevé de mutations dans la variante omicron est surprenant, l’apparition d’une autre variante du SRAS-CoV-2 n’est pas inattendue.

Grâce à la sélection naturelle, des mutations aléatoires s’accumulent dans n’importe quel virus. Ce processus est accéléré dans les virus à ARN, y compris le SRAS-CoV-2. Si et quand un ensemble de mutations donne à une variante un avantage de survie par rapport à ses prédécesseurs, la variante surpassera toutes les autres variantes virales existantes.

Le nombre plus élevé de mutations du variant omicron signifie-t-il qu’il est plus dangereux et transmissible que le delta ? Nous ne savons pas encore. Les conditions qui ont conduit à l’apparition de la variante ne sont pas encore claires, mais ce qui est clair, c’est que le grand nombre et la configuration des mutations dans omicron sont inhabituels.

Une explication possible de la façon dont les variantes virales multimutées apparaissent est une infection prolongée chez un patient dont le système immunitaire est supprimé, une situation qui peut conduire à une évolution virale rapide. Les chercheurs ont émis l’hypothèse que certaines des variantes antérieures du SRAS-CoV-2, telles que la variante alpha, pourraient provenir d’un patient infecté de manière persistante. Cependant, la constellation inhabituelle et les nombreuses mutations de la variante omicron la rendent très différente de toutes les autres souches de SRAS-CoV-2, ce qui soulève des questions sur son apparition.

Une autre source possible de variants pourrait provenir d’hôtes animaux. Le virus qui cause le COVID-19 peut infecter diverses espèces animales, notamment les visons, les tigres, les lions, les chats et les chiens. Dans une étude qui n’a pas encore été évaluée par des pairs, une équipe internationale que je dirige a récemment signalé une infection généralisée par le SRAS-CoV-2 chez des cerfs de Virginie en captivité et en liberté aux États-Unis. la variante omicron est apparue chez un animal hôte par une évolution rapide.

micron

Le cerf de Virginie a récemment été identifié comme un réservoir majeur du SRAS-CoV-2, le virus qui cause la COVID-19.

Comment la variante Delta est devenue dominante dans le monde

Delta est 40 à 60% plus transmissible que la variante alpha et près de deux fois plus transmissible que le virus SARS-CoV-2 d’origine identifié pour la première fois en Chine. La transmissibilité accrue de la variante delta est la principale raison pour laquelle les chercheurs pensent qu’elle a pu surpasser d’autres variantes pour devenir la souche dominante.

Un facteur clé de l’aptitude virale est son taux de réplication, ou la rapidité avec laquelle un virus peut faire plus de copies de lui-même. La variante delta se réplique plus rapidement que les variantes précédentes du SRAS-CoV-2, et une étude non encore évaluée par des pairs a estimé qu’elle produit 1 000 fois plus de particules virales que ses prédécesseurs.

En outre, les personnes infectées par la variante delta produisent et éliminent davantage de virus, ce qui est un autre mécanisme potentiel de sa capacité accrue à se propager. La recherche suggère qu’une explication possible de la capacité de réplication accrue de la variante delta est que les mutations de la protéine de pointe ont conduit à une liaison plus efficace de la protéine de pointe à son hôte, via le récepteur ACE-2.

La variante delta a également acquis des mutations qui lui permettraient d’échapper aux anticorps neutralisants qui jouent un rôle essentiel dans la défense de l’organisme contre un virus envahisseur. Cela pourrait expliquer pourquoi, comme l’ont montré plusieurs rapports, les vaccins COVID-19 ont été un peu moins efficaces contre la variante delta. Cette combinaison de transmissibilité élevée et d’évasion immunitaire pourrait aider à expliquer le succès de la variante delta.

Des études montrent également que les personnes infectées par la variante delta ont un risque plus élevé d’être hospitalisées par rapport aux personnes infectées par le SRAS-CoV-2 d’origine et les variantes précoces. On pense qu’une mutation particulière de la protéine de pointe variante delta, la mutation P681R, est un contributeur clé à sa capacité accrue à pénétrer dans les cellules et à provoquer une maladie plus grave.

Omicron remplacera-t-il Delta ?

Il est trop tôt pour dire si la variante omicron est plus adaptée que delta ou si elle deviendra dominante. Omicron partage certaines mutations avec la variante delta mais en possède également des assez différentes. Mais l’une des raisons pour lesquelles nous, dans la communauté de recherche, sommes particulièrement préoccupés est que la variante omicron a 10 mutations dans le domaine de liaison au récepteur, la partie de la protéine de pointe qui interagit avec le récepteur ACE-2 et médie l’entrée dans les cellules, par rapport à juste deux pour la variante delta.

Supposons que la combinaison de toutes les mutations dans omicron le rende plus transmissible ou meilleur à l’évasion immunitaire que delta. Dans ce cas, nous pourrions voir la propagation de cette variante à l’échelle mondiale. Cependant, il est également possible que le nombre inhabituellement élevé de mutations soit préjudiciable au virus et le rende instable.

Il est très probable que la variante omicron ne soit pas la fin et que d’autres variantes du SARS-CoV-2 émergent. Alors que le SRAS-CoV-2 continue de se propager parmi les humains, la sélection naturelle et l’adaptation se traduiront par davantage de variantes qui pourraient vraisemblablement être plus transmissibles que delta.

Grâce aux virus de la grippe, nous savons que le processus d’adaptation virale ne s’arrête jamais. Des taux de vaccination plus faibles dans de nombreux pays signifient qu’il existe encore de nombreux hôtes sensibles au virus et qu’il continuera à circuler et à muter aussi longtemps qu’il pourra se propager. L’apparition de la variante omicron est un autre rappel de l’urgence de la vaccination pour arrêter la propagation et l’évolution du SRAS-CoV-2.

Suresh V. Kuchipudi est professeur de maladies infectieuses émergentes à la Penn State University. Il reçoit des fonds des National Institutes of Health des États-Unis, du Département de l’agriculture des États-Unis et de la National Science Foundation des États-Unis.

Cet article est republié de La conversation sous licence Creative Commons. vous pouvez trouver le article original ici.